Search result: Catalogue data in Autumn Semester 2018

Number	Title	Type	ECTS	Hours	Lecturers
Agroecosystem Sciences Master
Major in Animal Sciences
Methodology Competences
Methods for Scientific Research
751-3801-00L	Experimental Design and Applied Statistics in Agroecosystem Science	W	3 credits	2G	A. Hund, W. Eugster, C. Grieder, R. Kölliker
Abstract	Different experimental designs will be discussed and various statistical tools will be applied to research questions in agroecosystem sciences. Statistical methods range from simple analysis of variance to mixed-models and multivariate statistics. Surveys and manipulative field and laboratory experiments are addressed and students learn to analyse data using a hands-on approach.
Learning objective	Students will know various statistical analyses and their application to science problems in their study area as well as a wide range of experimental design options used in environmental and agricultural sciences. They will practice to use statistical software packages (R), understand pros and cons of various designs and statistics, and be able to statistically evaluate their own results as well as those of published studies.
Content	The course program uses a learning-by-doing approach ("hands-on minds-on"). New topics are introduced in the lecture hall, but most of the work is done in the computer lab to allow for the different speeds of progress of the student while working with data and analyzing results. In addition to contact hours exercises must be finalized and handed in for grading. The credit points will be given based on successful assessments of selected exercises. The tentative schedule containst the following topics: Introduction To Experimental Design and Applied Statistics Introduction to 'R' / Revival of 'R' Skills Designs of Field and Growth Chamber Experiments Nonlinear Regression Fits Multivariate Techniques: Principle Component Analysis, Canonical Correpondence Analysis (CCA), Cluster Analysis ANOVA using linear and mixed effect models Error Analysis, Error Propagation and Error Estimation Introduction to autoregression and autocorrelations in temporal and spatial data and how to consider them in ANOVA-type analysis This course does not provide the mathematical background that students are expected to bring along when signing up to this course. Alternatively, students can consider some aspects of this course as a first exposure to solutions in experimental design and applied statistics and then deepen their understanding in follow-up statistical courses.
Lecture notes	Handouts will be available (in English)
Literature	A selection of suggested additional literature, especially for German speaking students will be presented in the introductory lecture.
Prerequisites / Notice	This course is based on the course Mathematik IV: Statistik, passed in the 2nd year and the Bachelor's course "Wissenschaftliche Datenauswertung und Datenpräsentation" (751-0441-00L)
751-6127-00L	Practical Course in Microscopy of Functional Histology	W+	3 credits	6P	S. E. Ulbrich
Abstract	Die "Funktionelle Histologie" beschreibt die histologischen und zytologischen Strukturen mit ihren jeweiligen Aufgaben und Wechselwirkungen innerhalb ausgewählter Organsysteme. Die endokrinologisch relevanten Organe und deren Präparation werden am Beispiel des Rindes kennengelernt.
Learning objective	Grundlagen der Histologie; Gewebedünnschnitte (Gefrier- und Paraffinschnitte) und deren Übersichtsfärbungen und Immunhistochemie; Fortgeschrittene Mikroskopie von Gewebedünnschnitten; Kritische Bewertung von Physiologie/Pathologie aufgrund morphologisch/histologischer Kriterien
Content	Jeder/m Studierenden wird ein Organ zugeteilt, mit welchem sie/er sich intensiv theoretisch und praktisch auseinandersetzt. Anhand dieses Organes als rotem Faden, welches vom Schlachthof bereitgestellt und von den Studierenden selber seziert, eingebettet, geschnitten, gefärbt und mikroskopiert wird, werden die Lernziele erreicht. Die theoretischen Grundlagen werden in der Vorbereitung zum Kurs selbstständig erarbeitet. Zur Vorbereitung dient ein ausführliches Skript über die Herstellung mikroskopischer Präparate, zu Übersichtsfärbungen und zu den Prinzipien der Immunohistologie sowie zu den mikroskopischen Techniken und originäre Literatur über die Funktion des Organs in Zusammenhang mit agrarwissenschaftlichem Kontext. Die Theorie wird im Kurs im Detail vertieft und diskutiert. Im Praktikum werden das Erstellen von Gewebedünnschnitten (Kryo- und Paraffinschnitte) und das Mikroskopieren von gefärbten und ungefärbten Gewebeschnitten selbstständig durchgeführt. Die Techniken der Übersichtsfärbungen werden angewandt und durch den Nachweis spezifischer Proteine mittels Immunhistochemie ergänzt. Die Darstellung und Erkennung von Einzelstrukturen ermöglicht ein Verständnis für das jeweils übergeordnete endokrine System, in dessen Zusammenhang das Organ steht. Pathologische Veränderungen werden Präparationsartefakten gegenübergestellt und somit eine kritische Bewertung von Beurteilungen aufgrund morphologischer Kriterien vorgenommen. Aktivitäten: 5 Tage Praktischer Kurs mit theoretischen Einheiten, Vorbereitung der theoretischen Grundlagen im Selbststudium im Vorfeld, eine mündliche Präsentation der erhaltenen Ergebnisse und eine schriftliche Zusammenfassung (Arbeitsbericht) nach Abschluss des Kurses.
Prerequisites / Notice	In Form eines Vortrags werden den anderen TeilnehmerInnen das zugeteilte Organ bzw Gewebe bezüglich der Morphologie, Histologie und funktioneller Gesichtspunkte vorgestellt. In der Nachbereitung zum Praktikum wird ein Bericht angefertigt, in dem die Vorgehensweise (Verfahrensprotokoll), die Befunde (Ergebnisprotokoll) und die kritische Auseinandersetzung mit den Inhalten des Praktikums (kritische Beurteilung) dokumentiert werden.
751-6129-00L	Practical Course Epigenetics	W+	3 credits	6P	S. E. Ulbrich, M. Saenz de Juano Ribes
Abstract	The practical course will comprise lecture elements on introducing the topic of epigenetics in detail to you and a large amount of practical work where you will be able to perform DNA methylation analyses on your own. We will focus on DNA extraction, the estimation of Global DNA Methylation and Gene-specific Methylation.
Learning objective	The competencies and aims for the course are as follows: Get first hands-on experience with the experimental techniques Answer a scientific question by conducting an experiments Present the principle of different techniques to other students Obtain results of an experiment and get insight into what affects technical variation and thus influences reproducibility Interpret results in an adequate manner to solve a scientific question Combine results to draw an adequate conclusion Present an epigenetics research paper
Lecture notes	You will receive a draft outline of the week, the slides of the theoretical parts and a detailed protocol of the work we will do in advance of the practical course.
Prerequisites / Notice	For receiving a total of 3 Credit Points for this practical course we kindly ask you to actively take part in the practical performance. You need to pass a 30-min written examination about the theoretical background of the techniques, approaches and the background. In addition, we ask you to present an original research paper together with a colleague. You will receive the paper in advance for preparation. We will ask you to prepare a 30 min presentation with a following discussion. Next to the presentation of your scientific paper you are asked to address questions of the presentations of your colleagues and actively take part in the discussion. Finally, we will ask you to write a lab report to be handed in at the beginning of the spring semester.

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