551-1174-00L Systembiologie
| Semester | Frühjahrssemester 2019 |
| Dozierende | U. Sauer, K. M. Borgwardt, J. Stelling, N. Zamboni |
| Periodizität | jährlich wiederkehrende Veranstaltung |
| Lehrsprache | Deutsch |
Lehrveranstaltungen
| Nummer | Titel | Umfang | Dozierende | ||||||||||||||||
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| 551-1174-00 V | Systembiologie | 2 Std. |
| U. Sauer, K. M. Borgwardt, J. Stelling, N. Zamboni | |||||||||||||||
| 551-1174-00 U | Systembiologie Die Übungen können zum Teil in englischer Sprache angeboten werden. | 2 Std. |
| U. Sauer, K. M. Borgwardt, J. Stelling, N. Zamboni |
Katalogdaten
| Kurzbeschreibung | Ausgehend von biologischen Fragen und Phänomenen unterrichtet der Kurs zur Beantwortung notwendige Konzepte von Modellierungen und Datenanalysen. In den Übungen erhalten die Studenten erste praktische Erfahrungen in einfacher Programmierung eigener Modelle und Analysen. |
| Lernziel | Wir unterrichten kein oder nur wenig neues biologisches Wissen oder experimentelle Analysemethoden, sondern nutzen aus dem Studium bekanntes Wissen (z. B. Enzymkinetik, Regulationsmechanismen oder analytische Methoden). Unser Ziel ist es biologische Probleme aufzuzeigen, die aus dynamischen Interaktionen molekularer Elemente entstehen und mit Hilfe von Computermethoden gelöst werden können. Spezifische Ziele sind: - Verständnis der Limitationen intuitiver Argumentation in der Biologie - Ein erster Überblick über Computermethoden in der Systembiologie - Übersetzen biologischer Fragestellungen in computerlösbare Probleme - Praktische Erfahrungen in Programmierung mit MATLAB - Erste Erfahrungen in der Computerinterprätation von biologischen Daten - Verständnis typischer Abstraktionen in der Modellierung molekularer Systeme |
| Inhalt | Während der ersten 7 Wochen konzentrieren wir uns auf mechanistische Modellierungen. Ausgehend von einfachen Enzymkinetiken betrachten wir zunächst die Dynamik von kleinerer Stoffwechselwegen und enden mit stöchiometrischen Modellen mittlerer Netzwerke. In der zweiten Kurshälfte konzentrieren wir uns auf die Analyse von typischen biologischen Omics Datensätzen. Wir starten mit multivariaten statistischen Methoden wie z. B. Clustering und Principal Component Analysis und enden mit Methoden um Netzwerke aus Daten zu lernen. |
| Skript | No script |
| Literatur | Der Kurs wird nicht mit einem bestimmten Lehrbuch unterrichtet, aber 2 Bücher werden zur Unterstützung empfohlen: - Systems Biology (Klipp, Herwig, Kowald, Wierling und Lehrach) Wiley-VCH 2009 - A First Course in Systems Biology (Eberhardt O. Voight) Garland Science 2012 |
Leistungskontrolle
| Information zur Leistungskontrolle (gültig bis die Lerneinheit neu gelesen wird) | |
Leistungskontrolle als Semesterkurs | |
| ECTS Kreditpunkte | 4 KP |
| Prüfende | U. Sauer, K. M. Borgwardt, J. Stelling, N. Zamboni |
| Form | Sessionsprüfung |
| Prüfungssprache | Deutsch |
| Repetition | Die Leistungskontrolle wird in jeder Session angeboten. Die Repetition ist ohne erneute Belegung der Lerneinheit möglich. |
| Prüfungsmodus | schriftlich 120 Minuten |
| Zusatzinformation zum Prüfungsmodus | Die Vorlesung wird durch Übungen auf einer Lernplattform (Moodle) und Gruppenübungen begleitet. Bei erfolgreicher Teilnahme an den Übungen (mindestens 75% der Aktivitäten müssen erfolgreich abgeschlossen sein) können die Studierenden einen Bonus von 0.25 Notenpunkten erhalten, der auf die Schlussnote der Prüfung angerechnet werden kann. Die Maximalnote 6 für die Lerneinheit kann auch erreicht werden, wenn nur die Sessionsprüfung absolviert wird. Bei einer allfälligen Prüfungsrepetition wird standardmässig die während des Kurses erbrachte Leistung übernommen. Wird dies nicht gewünscht muss der Kurs erneut belegt werden. |
| Hilfsmittel schriftlich | Keine |
| Diese Angaben können noch zu Semesterbeginn aktualisiert werden; verbindlich sind die Angaben auf dem Prüfungsplan. | |
Lernmaterialien
| Keine öffentlichen Lernmaterialien verfügbar. | |
| Es werden nur die öffentlichen Lernmaterialien aufgeführt. |
Gruppen
| Keine Informationen zu Gruppen vorhanden. |
Einschränkungen
| Keine zusätzlichen Belegungseinschränkungen vorhanden. |
