626-0002-AAL  Bioinformatics

SemesterHerbstsemester 2016
DozierendeJ. Stelling, N. Beerenwinkel
Periodizitätjedes Semester wiederkehrende Veranstaltung
LehrspracheEnglisch
KommentarBelegung ist NUR erlaubt für MSc Studierende, die diese Lerneinheit als Auflagenfach verfügt haben.

Alle anderen Studierenden (u.a. auch Mobilitätsstudierende, Doktorierende) können diese Lerneinheit NICHT belegen.



Lehrveranstaltungen

NummerTitelUmfangDozierende
626-0002-AA RBioinformatics
Self-study course. No presence required.
120s Std.J. Stelling, N. Beerenwinkel

Katalogdaten

KurzbeschreibungThe course introduces concepts of bioinformatics starting from first principles: DNA sequence alignment, phylogenetic tree inference, genome annotation, protein structure and function prediction. Key methods and algorithms are covered, including dynamic programming, Markov and Hidden Markov models, and molecular dynamics simulations. Practical applications and limitations are discussed.
LernzielThe course aims at introducing the fundamental concepts and methods of bioinformatics. Emphasis is given to a deep understanding of the methods' foundations and limitations to enable critical evaluations and applications of bioinformatics tools in areas such as biotechnology and systems biology.
InhaltFrom "Understanding Bioinformatics":
Chapter 4: Producing and Analyzing Sequence Alignments
Chapter 5: Pairwise Sequence Alignment and Database Searching
Chapter 6: Patterns, Profiles, and Multiple Alignments
Chapter 7: Recovering Evolutionary History
Chapter 8: Building Phylogenetic Trees
Chapter 9: Revealing Genome Features
Chapter 10: Gene Detection and Genome Annotation
Chapter 11: Obtaining Secondary Structure from Sequence
Chapter 12: Predicting Secondary Structures
Chapter 13: Modeling Protein Structure
Chapter 14: Analyzing Structure-Function Relationships

From "Biological Sequence Analysis":
Sections 3.1, 3.2, 3.3, 4.1, 4.2, 4.4, 5.2, 5.3, 5.4, 6.5 (Markov Chains and Hidden Markov Models)

From "A First Course in Systems Biology":
Chapter 1: Biological Systems
SkriptCourse material will be made available at: Link
LiteraturZvelebil M, Baum JO. Understanding Bioinformatics. Garland Science, 2008.
Durbin R, Eddy S, Krogh A, Mitchinson G. Biological Sequence Analysis. Cambridge University Press, 2004.
Voit EO. A First Course in Systems Biology. Garland Science, 2012.
Voraussetzungen / BesonderesThere will be two opportunities for tutorials during the semester

Link

Leistungskontrolle

Information zur Leistungskontrolle (gültig bis die Lerneinheit neu gelesen wird)
Leistungskontrolle als Semesterkurs
ECTS Kreditpunkte4 KP
PrüfendeJ. Stelling, N. Beerenwinkel
FormSessionsprüfung
PrüfungsspracheEnglisch
RepetitionDie Leistungskontrolle wird in jeder Session angeboten. Die Repetition ist ohne erneute Belegung der Lerneinheit möglich.
Prüfungsmodusmündlich 30 Minuten
Diese Angaben können noch zu Semesterbeginn aktualisiert werden; verbindlich sind die Angaben auf dem Prüfungsplan.

Lernmaterialien

Keine öffentlichen Lernmaterialien verfügbar.
Es werden nur die öffentlichen Lernmaterialien aufgeführt.

Gruppen

Keine Informationen zu Gruppen vorhanden.

Einschränkungen

Keine zusätzlichen Belegungseinschränkungen vorhanden.

Angeboten in

StudiengangBereichTyp
Biotechnologie MasterAuflagen-LerneinheitenE-Information