Renato Paro: Katalogdaten im Frühjahrssemester 2019 |
| Name | Herr Prof. em. Dr. Renato Paro |
| Lehrgebiet | Biosysteme |
| Adresse | Professur für Biophysik ETH Zürich, BSS H 41 Klingelbergstrasse 48 4056 Basel SWITZERLAND |
| renato.paro@bsse.ethz.ch | |
| Departement | Biosysteme |
| Beziehung | Professor emeritus |
| Nummer | Titel | ECTS | Umfang | Dozierende | |
|---|---|---|---|---|---|
| 551-0140-00L | Epigenetics | 4 KP | 2V | A. Wutz, U. Grossniklaus, R. Paro, R. Santoro | |
| Kurzbeschreibung | Epigenetik untersucht die Vererbung von Merkmalen, die nicht auf eine Veränderung der DNA Sequenz zurückgeführt werden kann. Die Vorlesung gibt einen Überblick über epigenetische Phänomene und erklärt die zugrundeliegenden molekularen Mechanismen. Die Rolle von epigenetischen Prozessen bei der Krebsentstehung und anderen Krankheiten wird diskutiert. | ||||
| Lernziel | Das Ziel des Kurses ist das Verständnis von epigenetischen Mechanismen und deren Funktion in der Entwicklung von Organismen, bei Regenerationsprozessen oder bei der Entstehung von Krankheiten. | ||||
| Inhalt | Themen - Historischer Überblick, Konzepte und Vergleich Genetik vs. Epigenetik - Biologie von Chromatin: Struktur und Funktion, Organisation im Kern und die Rolle von Histon Modifikationen bei Prozessen wie Transkription und Replikation. - DNA-Methylierung als epigenetische Modifikation - Weitergabe epigenetischer Modifikationen während der Zellteilung: das Zellgedächtnis - Stabilität/Revertierbarkeit epigenetischer Modifikationen: zelluläre Plastizität und Stammzellen. - Genomisches Imprinting in Pflanzen und in Säugern - X Chromosom Inaktivierung und Dosiskompensation - Positionseffekte, Paramutationen und Transvektion - RNA-induziertes Gensilencing - die Rolle von epigenetischen Prozessen bei der Krebsentstehung oder der Zellalterung. | ||||
| 636-0202-00L | Lab Course: Next-Generation Sequencing  Only for Biotechnology MSc, Programme Regulations 2017. | 2 KP | 5P | C. Beisel, R. Paro, S. Reddy | |
| Kurzbeschreibung | The Lab Course will take place Monday/Tuesday 9-17h, 10 days in total, start of this lab course is on Monday, September 25 2017. | ||||
| Lernziel | Students shall obtain a basic understanding in NGS and its application in transcription profiling including theoretical considerations when starting an RNA-seq experiment and the practical hands-on work of library preparation and usage of bioinformatics tools for data analysis. | ||||
| Inhalt | Introduction to NGS technologies and applications. Design of an RNA-seq transcription profiling experiment. Specific treatment of cells (+/- signal-induction) and RNA extraction. Handling and quality control of RNA samples. Sequencing library preparation starting with total RNA. Quality control and quantification of the libraries. Setup of an NGS run and sequencing of the prepared RNA-seq libraries using the NextSeq 500 system. Analysis of the generated sequence data: sequence data QC, criteria for run performance and quality of data; pre-processing of the raw data; mapping sequence reads to a reference sequence; quantification of transcript abundance and differential gene expression. | ||||
| Skript | Material will be provided during the course | ||||
| Literatur | Sara Goodwin, John D. McPherson & W. Richard McCombie. Coming of age: ten years of next-generation sequencing technologies. Nature Reviews Genetics 17, 333-351 (2016) Zhong Wang, Mark Gerstein & Michael Snyder. RNA-Seq: a revolutionary tool for transcriptomics. Nature Reviews Genetics 10, 57-63 (January 2009) Fatih Ozsolak & Patrice M. Milos. RNA sequencing: advances, challenges and opportunities. Nature Reviews Genetics 12, 87-98 (February 2011) Ana Conesa, Pedro Madrigal, Sonia Tarazona et al. A survey of best practices for RNA-seq data analysis. Genome Biology 2016 17:13. | ||||
| 636-0301-00L | Current Topics in Biosystems Science and Engineering | 2 KP | 1S | R. Platt, N. Beerenwinkel, Y. Benenson, K. M. Borgwardt, P. S. Dittrich, M. Fussenegger, A. Hierlemann, D. Iber, M. H. Khammash, D. J. Müller, S. Panke, R. Paro, S. Reddy, T. Schroeder, T. Stadler, J. Stelling | |
| Kurzbeschreibung | This seminar will feature invited lectures about recent advances and developments in systems biology, including topics from biology, bioengineering, and computational biology. | ||||
| Lernziel | To provide an overview of current systems biology research. | ||||
| Inhalt | The final list of topics will be available at http://www.bsse.ethz.ch/education/. | ||||
| 636-1005-AAL | Bio V: Bioinformatics Belegung ist NUR erlaubt für MSc Studierende, die diese Lerneinheit als Auflagenfach verfügt haben. Alle anderen Studierenden (u.a. auch Mobilitätsstudierende, Doktorierende) können diese Lerneinheit NICHT belegen. | 5 KP | 7R | R. Paro | |
| Kurzbeschreibung | |||||
| Lernziel | |||||
| Literatur | Pevsner, Bioinformatics and Functional Genomics, chapters: 1 – 7 | ||||
| 636-1010-AAL | Bio Lab V: Molecular Biology III Belegung ist NUR erlaubt für MSc Studierende, die diese Lerneinheit als Auflagenfach verfügt haben. Alle anderen Studierenden (u.a. auch Mobilitätsstudierende, Doktorierende) können diese Lerneinheit NICHT belegen. | 1 KP | 3R | R. Paro | |
| Kurzbeschreibung | |||||
| Lernziel | |||||
| Inhalt | “-omics” analyses in eukaryotic cells (sample preparation for and analysis of omics data) | ||||